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antheprot中文说明书.doc


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(InstituteofBiologyandChemistryofProteins)用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容,功能非常强大。应用此软件包,使用个人电脑,便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。感谢软件的编写者,他们将此软件包免费提供给此领域的同行使用,这对于我国的科学技术人员来说,实在是一件好事。因为一个功能再多再好的专业应用软件,如果作为商业软件进行销售的话,往往使大多数需要使用此软件的科技人员因为科研经费的问题,无缘使用,这点在我国尤为突出。软件分为三个版本,分别用于Unix系统,DOS系统与WINDOWS95或98系统,让我以用于WINDOWS系统的版本为例,介绍一下这个软件的基本用法。软件包为一个自解压执行文件,,。执行此文件,输入解压后存放的目录名,便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthewin,在桌面上建立它的快捷图标,。通过主程序,我们可以载入蛋白序列,对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作,更重要的是,我们可以在此调用各种所需的分析工具,对蛋白序列进行分析。:可以使用按键或菜单中的File/Open命令打开各种序列文件,程序识别的文件类型包括:单序列文件格式:*.SEQ,(:DNA/Strider格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR格式与IG/Stanford格式);含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件:*.BAS,(以Pearson/Fasta格式添加序列,上限为30条序列或32K文件大小);ClustalV或ClustalW文件:*.ALN含有ClustalW格式的多队列;:*.MUL;在Prosite蛋白数据库中查寻出Site结果的文件:*.SIT,蛋白质原子空间结构的PDB格式文件:*.PDB;使用IBCP()服务器预测蛋白二级结构所获得的结果文件格式:*.CNS;序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入,或者以*.SEQ等文件格式载入,也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为Pearson/Fasta格式,为文本格式文件,带有>开始的为序列蛋白的名称,其后便是蛋白序列。下面为一个此格式的例子:>MBNVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG程序支持的一些编辑功能如下:取消,恢复(Undo):Ctrl+Z。查找Ctrl+T。支持复制与粘贴。可以自定义字符颜色,背景色与打印字体。可打印序列文件。输入或载入序列后,便同时打开了一个图像窗口,以彩图的形式显示出蛋白序列。不同的蛋白残基以不同的颜色表示。下面便是打开一个序列后的主程序窗口的例子:,Methods菜单便被激活,相应的快捷按键也出现在工具栏中。这些按键依次为:打开文件按键;存储文件按键;打印按键;更改字体与格式按键;更改设定颜色按键;进行蛋白序列二级结构预测;在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列;绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线;或本地蛋白序列数据库中查找类似序列;计算蛋白序列分子量,比重与各蛋白残基百分组成;计算蛋白序列滴定曲线与等电点;选定一个片段后,绘制HelicalWheel图;进行点阵图(DotPlot)分析;计算信号肽潜在的断裂位点;打开一个简单的帮助文件;退出程序。,通过菜单进行各种操作也非常方便。下面让我将一些主要分析工具的功能介绍一下:(DotPlot)DotPlot分析方法对以下分析工作非常有用:在一条序列内查找重复序列;在2条序列中不同位置查找类似片段;在不同序列中查找同源性。只有当程序载入一条序列时,才可以激活DotPlot程序,选择菜单命令DotPlot或单击按键,运行DotPlot程序,可再选择要进行比较的第二条序列。然后,再确定参数与限制条件,包括:窗口尺寸:移动片段的长度矩阵:选择替代矩阵下图为含有两个蛋白酶序列的点阵图,两个酶具有同源性,因为由点阵图可以看到

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  • 时间2019-05-25
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