DNAman使用方法优秀课件.ppt

DNAMAN使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为普遍使用的DNA序列分析工具。,简单介绍其使用方法。打开DNAMAN,可以看到如下界面:第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有九个常用主菜单,第二栏为工具栏:第三栏为浏览器栏:在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel工具条,DNAMAN提供20个Channel,点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel中。以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。(1)通过File/Open命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(2)通过Sequence/LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA或蛋白质),名称,和要分析的片段等参数。//DisplaySequence命令打开对话框,如图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:position:plementSequence:显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence:plementSequence:显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence:显示待分析序列的双链序列RNASequence:,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框,如下所示:按扭,出现下列对话框:选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下列对话框:Enzyme:代表enzymedatafile,点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项,,如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名。,。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如puc18multiplecloningsites),然后点击按钮出现下列对话框:按钮出现下列对话框:输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度;End酶切产生的末端,其中包括,Blunt(平头末端),5’Overhang(5’突出粘性末端),3’Overhang(3’突出粘性末端),系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后,点击按钮执行操作。(parision)要比较两个序列,parision(点矩阵比较)通过Sequense/parision命令打开比对界面,如下图:点击对比界面左上角的按钮,出现下列对话框:(parision)参数说明如下:Sequencetype序列类型Sequence1参加比对的第一序列选择框,框内选项说明如下:如果要比对的序列在Channel中,点击下拉箭头,选择相应的Channel,则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列;也可以从文件夹中选择参加比对的序列,在File选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。Sequence2参加比对的第二序列选择框;选项说明同上ShowSequence选择此项,当同源性大于设定值时,将显示同源性;Annotations是否显示注释