mega使用教程.doc

MEGA的主界面:。如果打开的文件是比对结果,选择Analyze;如果打开的文件是序列文件,选择Align。另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列,导入后会弹出MEGA比对界面。如果fasta序列导入报错,多是因为序列长度不同导致:如果序列长度不同,可以采用新建文件,将序列文件导入的方法。步骤:Align→Edit/BuildAlignment→createanewalignment→Data→open→RetrievesequencesfromFile将复制输入的序列另存输出看看。步骤:data→Exportalignment→fastaformat序列长度都被用横线补齐了。:clustalw一般用于DNA,muscle多用于蛋白。在比对之前需先选中要进行比对的序列(Shift),还可以对序列或者序列名进行编辑(双击)。比对参数选择:保存比对文件,进化树分析提供数据。一般导出的比对结果保存为fasta格式,或者直接点击保存按钮将结果,保存为二进制的mas或meg文件。:将刚刚另存的meg文件重新导入到mega程序中(直接拖入工作界面),并选择构建进化树。参数选择:参数设置,Bootstrapmethod一般选择1000~1500;第一次绘图时建议选择500,这样运行速度会比价快,结果合适再调至1000重新进行进化分析。描述:进化树可视化:View→Tree/Branchstyle选择树的模式,也可以通过右图菜单进行选择。发散树环状树进化树简单美化:可视化文件的保存:•Newick——标准树文件,用于下游可视化软件的导入•png——压缩图像文件•pdf——矢量图像文件保存为png/pdf,显示不全怎么办?——将图和图注复制到WORD中保存即可(ImageCopytoClipboard粘贴到WORD)。