Mega使用方法.doc

用 MEGA2 做进化树的步骤( 图示) F asta — alignment — clustal — create a new alignment — data — open — retrieve sequences from file — alignment — align by clustalW — ok— ok— export alignment — mega format C lick me to activate a data file — mega file — phylogeny — bootstrap test of phylogeny — UPGMA — compute —修改参数即可( options ) -- 一般 tree width 改为 800 1 、打开程序如下图所示: 2、 MEGA2 只能打开 meg 格式的文件, 但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来, 我们在这里用 aln 格式( Clustal 的输出文件) 转换 meg 文件。点 File:Convert to MEGA Format... 打开转换文件对话框如下图所示: 3 、选择文件和转换文件对话框,选择 aln 文件,点 OK 如下图所示: 4 、转换好的 meg 文件,点存盘保存 meg 文件, meg 文件会和 aln 文件保存在同一个目录如下图所示: 5 、关闭转换窗口,回到主窗口,现在点面板上的“ Click me to activate a data file ”打开刚才的 me g 文件如下图所示: 6 、选择 meg 文件,点“打开”如下图所示: 7 、程序会自动识别序列的类型,如果识别错误,请手工选择数据类型。然后点 OK 就行了如下图所示: 8 、数据输入之后的样子,窗口下面有序列文件名和类型如下图所示: 9、现在终于可以开始做 Bootstrap 验证和进化树了, MEGA 的主要功能就是做 Bootstrap 验证的进化树分析, Bootstrap 验证是对进化树进行统计验证的一种方法,可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致,我们在此以 UPGMA 方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。如下图所示: 10、... 会弹出如下的对话框,在此你可以选择计算参数。如下图所示: 11、 Distance Options 标签页中的 Models 可以下拉, 其中有若干个计算距离的方法可以选择, 在此默认泊松校验(Poisson Correction) 作为计算距离的方法。如下图所示: 12、 In