蛋白质蛋白质相互作用习题.doc

、检索、分析、、蛋白质序列数据库及蛋白质结构数据库是什么基因组数据库:GenBank、EMBL、DDBJ;蛋白质序列数据库:SWISS-PROT、PIR、NCBI蛋白质数据库;蛋白质结构数据库:?将两个序列的各个字符(代表核苷酸或者氨基酸残基)按照对应等同或者置换关系进行对比排列,其结果是两个序列共有的排列顺序,。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域,也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。?是BasicLocalAlignmentSearchTool基本局部比对搜索工具的英文缩写。,分别有什么功能?BLAST包含5个子程序:blastn为核酸—核酸比对程序,用户输入一个核酸序列可以找到NCBI核酸数据库中与该序列最相似的序列。blastp为蛋白—蛋白比对程序,用户输入一个蛋白质序列可以找到NCBI蛋白数据库中与该序列最相似的序列。blastx为核酸—蛋白比对程序,用户输入一个核酸序列,程序会将其按照6种读码形式翻译成蛋白质序列,然后在NCBI蛋白数据库中找到与该序列最相似的序列。tblastn为蛋白—核酸比对程序,用户输入一个蛋白质序列,程序按照氨基酸密码子将蛋白序列转换成核酸序列,然后在NCBI核酸数据库中找到与该序列最相似的序列。tblastx为核酸—核酸比对程序,用户输入一个核酸序列,程序会将其按照6种读码形式翻译成蛋白质序列,同时将数据库中的核酸序列也按照6种读码形式翻译成蛋白质序列,然后比较转换后的蛋白质序列相似性,进而找到核酸数据库中与该序列最相似的序列,该程序运算量很大,比对速度也最慢。,blastn参数如何设定更可能找到相似序列?降低Expectthreshold,降低Wordsize。,有什么特点?refseq_rna为参考rna数据库,refseq_genomic为参考基因组数据库,参考数据库都是经过人工审核的数据库,具有较高的可信性。?文件第一行以大于号开头,随后为任意文字说明,第二行为序列信息,使用核酸或氨基酸序列符号。。PAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源,而BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域。-value是什么??电子克隆时需要注意哪些事项?,哪些适合于远缘序列进化树构建?MEGA5工具栏中的Phylogeny提供5种常用系统进化树的构建方法:MaximumLikelihood,ML最大似然法Neighbor-Joining,NJ临位连接法Minimum-Evolution,ME最小进化法MaximumParsimony,MP最大简约法UPGMA除权配对法以上5种方法原理不同,但构建方法基本一致。通常对分化程度较大的远缘序列选择M