蛋白质蛋白质相互作用习题.doc

蛋白质蛋白质相互作用习题.doc生物信息学的定义及主要研究内容
利用计算机存储、检索、分析、预测生物分子组成与结构的科学
目前世界上主要的基因组数据库、蛋白质序列数据库及蛋白质结构数据库是什么
基因组数据库：GenBank、EMBL、DDBJ；蛋白质序列数据库：SWISS-PROT、PIR、NCBI
蛋白质数据库；蛋白质结构数据库：PDB
Sequence alignment 的定义是什么？
将两个序列的各个字符（代表核甘酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比 排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，它是序列相似程度的一种定性描述
什么是多重序列比对
多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区 域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。
什么是BLAST?
是Basic Local Alignment Search Tool基本局部比对搜索工具的英文缩写。
BLAST包含哪些子程序，分别有什么功能？
BLAST包含5个子程序：
blastn为核酸一核酸比对程序，用户输入一个核酸序列可以找到NCBI核酸数据库中与该序 列最相似的序列。
blastp为蛋白一蛋白比对程序，用户输入一个蛋白质序列可以找到NCBI蛋白数据库中与该 序列最相似的序列。
blastx为核酸一蛋白比对程序，用户输入一个核酸序列，程序会将其按照6种读码形式翻 译成蛋白质序列，然后在NCBI蛋白数据库中找到与该序列最相似的序列。
tblastn为蛋白一核酸比对程序，用户输入一个蛋白质序列，程序按照氨基酸密码子将蛋白 序列转换成核酸序列，然后在NCBI核酸数据库中找到与该序列最相似的序列。
tblastx为核酸一核酸比对程序，用户输入一个核酸序列，程序会将其按照6种读码形式翻 译成蛋白质序列，同时将数据库中的核酸序列也按照6种读码形式翻译成蛋白质序 列，然后比较转换后的蛋白质序列相似性，进而找到核酸数据库中与该序列最相似 的序列，该程序运算量很大，比对速度也最慢。
在序列相似性较差的比对中，blastn参数如何设定更可能找到相似序列？
降低 Expect threshold,降低 Word size。
在NCBI数据库中refseq_ma和refseq_genomic分布代表什么数据库，有什么特点？ refseq_ma为参考rna数据库，refseq_genomic为参考基因组数据库，参考数据库都是经过 人工审核的数据库，具有较高的可信性。
什么是FASTA格式？
文件第一行以大于号开头，随后为任意文字说明，第二行为序列信息，使用核酸或氨基酸序 列符号。
在BlastP程序中PAM模型和BLOSUM模型分别用于哪种搜索。
PAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源，而BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域。
Blast结果中的E-value是什么？
如何进行电子克隆？电子克隆时需要注意哪些事项？
构建进化树有哪些常用的方法，哪些适合于远缘序列进化树构建？
MEGA5工具栏中的Phylogeny提供5种常用系统进化树的构建方法：
Maximum Likelihood, ML 最大似然法
Neighbor-Joining, NJ 临位连接法
Minimum-Evolution, ME 最小进化法
Maximum P