STRING-蛋白网络分析操作流程.pdf

STRING数据库
操作指南

STRING介绍
• 研究一个基因及其编码的蛋白质，一方面要了解
它们的功能，另一方面需研究与此蛋白质相互作
用的其他蛋白质的信息，以使研究人员能够更加
深入地认清相关蛋白质的功能，更清楚地理解其
调控机制。
• STRING数据库(http://string-/)是一个搜寻已
知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统
。这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的
相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能的相关
性。
• 它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结
果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法
预测的结果。所应用的生物信息学的方法有：染色体临近
、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达。
• 该系统利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给予
一定的权重，最终给出一个综合的得分。
STRING网站首页

检
索
框
覆盖1133个物种，包含5214234种蛋白质
检索与某个特定蛋白质（如trpA）
相互作用的其他蛋白信息
按名称查找 按氨基酸序列查找
点击此处可以查看示例
此处输入需要检索的蛋白质
名称或者登录号
物种选择。如选择auto-detect，
则在查询的过程中，如果相关的
蛋白质名称出现在几个不同的物
种中，则数据库系统会将这些物
种全部显示出来，用户可自己选
择感兴趣的蛋白质进行下一步的
开始检 查询。
索！
检索结果
圆圈（node）表示蛋白质，点
击可以查看该蛋白质相关信息。
Confidence
view
直线（edge ）表示蛋白质
之间的相互作用关系。点击
可以查看两蛋白互作信息。
Confidence view表示蛋白
质之间相互作用关系，线
越粗表示两者之间互作更
强。
视图进行放大或