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担子菌亚门
陆生，多数种是植物的专性寄生菌和腐生菌，食用、药用、有毒的品种也很多。担子菌亚门无单细胞种类，均为有隔菌丝形成的发达的菌丝体 。腐生或寄生于维管植物，也有的与植物根共生形成菌根。在潮湿的土地上，常见有白色的菌丝体，有时，菌丝相互连结，形成菌索。
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锈菌目
真菌菌丝有隔膜，初生菌丝单核，随后双核化，生长在寄主的细胞间隙，以吸器侵入细胞。吸器一般围绕着细胞核与细胞质紧密地结合在一起。锈菌的细胞质中含有核微粒、线粒体、肉质网、糖元颗粒和类脂体。
月季锈病
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危害
真菌对植物为害极大，锈病的流行常给人类带来严重损失（见锈病菌类）。
玉米锈病
小麦锈病
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黑粉菌目
特征是形成成堆黑色粉状的冬孢子(习惯称作厚垣孢子)。黑粉菌的分类主要根据冬孢子的性状，如孢子的大小、形状、纹饰、是否有不孕细胞、萌发的方式以及孢子堆的形态等。但是，许多黑粉菌的种，很难从冬孢子的性状区别，所以，寄主范围也作为种的鉴别性状，这一点与锈菌的分类是相同的。黑粉菌为害农作物重要的属有黑粉菌属、轴黑粉属和腥黑粉菌属等，尤其是以黑粉菌属最为重要。
玉米黑粉
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半知菌亚门
绝大多数是有隔菌丝，只以分生孢子进行无性繁殖；很少见有性繁殖。为了分类上的需要，把这一类型真菌归纳为半知菌亚门。
半知菌分类以应用方便为主，不以亲缘关系为依据，一般根据孢子梗和孢子的形态及产生方式分类。许多已发现有性世代的半知菌，均已分别归属，如青霉菌属、曲霉菌属及赤霉菌属已归入子囊菌亚门，以下几属为仍属于半知菌亚门的重要代表。
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无孢目
无性态不产生分生孢子而以有隔菌丝繁殖的一类真菌。属半知菌亚门,丝孢纲。无孢目真菌有时形成菌丝变态结构,如厚垣孢子、菌核等。其有性态可能是担子菌或子囊菌。目前已知28属,约200种。有的腐生,有的是重要的植物病原菌,引起立枯、腐烂等症状。
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瘤座菌目
形态特征：菌丝有隔，分枝。分生孢子梗分枝或不分枝。分生孢子有两种形态，小型分生孢子卵圆形至柱形，有1个～2个隔膜；大型分生孢子镰刀形或长柱形，有较多的横隔。此属真菌一般
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黑盘孢目
分生孢子梗产生在分生孢子盘上。有的分生孢子盘四周或分生孢子梗之间具有黑色的刚毛。其中，炭疽菌属、盘多毛孢属 、盘单毛孢属、射线孢属及痂圆孢属等为重要病原菌，主要引起多种植物的炭疽病、叶斑病和叶枯病等。
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叶枯病
叶斑病
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