新MEGA5使用说明.docx

MEGA5使用说明
MEGA软件——系统发育树构建方法〔图文讲解〕
2022年12月02日 ⁄ Evolution ⁄ 字号 小 中 大 ⁄ 评论 3 条 ⁄ 阅读 3,872 次 [点击参加在线收藏夹]
一、序列文本的准备
MEGA5使用说明
MEGA软件——系统发育树构建方法〔图文讲解〕
2022年12月02日 ⁄ Evolution ⁄ 字号 小 中 大 ⁄ 评论 3 条 ⁄ 阅读 3,872 次 [点击参加在线收藏夹]
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中〔或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称〞作为第一行，然后重起一行 编辑基因序列〕，序列只包含序列字母〔ATCG或氨基酸简写字母〕。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
〔1〕翻开Mega 5软件，界面如下
〔2〕导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型〔如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein〕
出现新的对话框，创立新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
〔3〕序列比对分析
点击工具栏中“W〞工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
〔4〕系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存
本方法来自网络，经小编microibs编辑，修改补充，如果转载请注明PLoB出处。