细菌全基因组测序.ppt

关于细菌全基因组测序
第1页，讲稿共20张，创作于星期二
生物信息学分析流程图
第2页，讲稿共20张，创作于星期二
基因功能注释
基因注释主要基于蛋白序列比对，将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。
关于细菌全基因组测序
第1页，讲稿共20张，创作于星期二
生物信息学分析流程图
第2页，讲稿共20张，创作于星期二
基因功能注释
基因注释主要基于蛋白序列比对，将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。
注释的蛋白库为：KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR。
第3页，讲稿共20张，创作于星期二
B-6 KEGG代谢通路二级分类图
第4页，讲稿共20张，创作于星期二
B-9 KEGG代谢通路二级分类图
第5页，讲稿共20张，创作于星期二
B-6 COG功能分类图
第6页，讲稿共20张，创作于星期二
B-9 COG功能分类图
第7页，讲稿共20张，创作于星期二
B-6 GC含量、GC skew、
COG 注释基因组分布图
第8页，讲稿共20张，创作于星期二
B-9 GC含量、GC skew、
COG 注释基因组分布图
第9页，讲稿共20张，创作于星期二
基因家族（gene family）和基因簇（gene cluster）分析

基因家族聚类结果

各基因家族统计信息
distance_data/
各基因家族内基因两两间的Ka/Ks结果
gene_families
包含各基因家族的序列等信息
基因组中来源相同，结构和功能相关的基因
聚集在一起形成基因家族。
基因家族的各个成员紧密成簇排列成大段的串联
重复单位，分布在某一条染色体的特殊区域
第10页，讲稿共20张，创作于星期二
测序数据的解读与分析
解读策略
木质素基质是非常巨大的非均性高分子，会受到细胞外酶或试剂的作用；木质素不含有可水解的化学键，这就意味着木质素降解所参与的酶必须具有氧化性；木质素具有立体结构不规整性，与许多其他天然高分子相比，木质素降解要求更具非特异性的作用。
木质素降解过程中涉及到的细胞外酶主要有：木质素过氧化物酶（LiP）和锰过氧化物酶（MnP），以及漆酶（Lac）。此外，一些附属酶参与过氧化氢的产生，乙二醛氧化酶（glyoxal oxidase，缩写作GLOX）和芳基醇氧化酶（aryl alcohol oxidase，缩写作AAO）属于这类酶。
第11页，讲稿共20张，创作于星期二
解读策略
木质素降解过程涉及到的其他酶。
对木质素模型化合物作用的相关酶；
木质素单体化合物降解相关酶。
聚合木质素
木质素
Lac MnP
LiP
单体
二聚体
寡聚体
Lac MnP
LiP
其他酶
C1C2C3片段
CO2
开环产物
CO2
芳香醛酸
醌 + 氢醌
CO2
第12页，讲稿共20张，创作于星期二
聚合木质素
木质素
Lac MnP
LiP
单体
二聚体
寡聚体
Lac MnP
LiP
其他酶
C1C2C3片段
CO2
开环产物
CO2
芳香醛酸
醌 + 氢醌
CO2
运用测序数据构思文章
对羟苯基结构（10%）
愈创木基结构（70%）
紫丁香基结构（20%）
γ
α
β
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木质素主体结构的连接方式
键 型
连接方式
名 称
β-O-4型
β-烷基芳基醚键
愈创木基甘油-β-芳基醚
α-O-4型
α-烷基芳基醚键
愈创木基甘油-α-芳基醚
4-O-5型
二芳基（联苯）醚键
愈创木基芳基醚
α-O-γ型
二烷基醚键
松脂酚
β-5型
α-烷基芳基醚，β-碳键
苯基香豆满
5-5型
二苯基（联苯）碳键
二联苯愈创木基丙烷
β-β型
β-二烷基碳键
二芳基（愈创木基）联丙烷
β-1型
β-芳基碳键
愈创木基-β-芳基丙烷
β-O-4型连接
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木质素降解有关主要的酶和它们催化的主要反应
酶，简写
辅助因子或基质“介体”
主要效应和参与催化的反应
木质素过氧化物酶，LiP
H2O2，黎芦醇
催化木质素非酚型亚结构β-O-4模型中丙基侧链上的C α-C β键的断裂反应、开环以及其他的反应
锰过氧化物酶，MnP
H2O2，Mn，有机酸作为螯合剂，硫醇，不饱和脂质
形成苯氧自由基，引起芳香环和C α之间化学键的断裂；MnP-脂质体系可使非酚型β-O-4木质素模型中的C α-