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PCR引物设计及PrimerPremier50使用介绍.pptx


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文档列表 文档介绍
主要内容
PCR介绍
引物设计原理
引物设计的优化原则
Primer Premier 介绍
举例说明引物的设计
PCR介绍
1、什么是PCR
2、PCR的组成
3、如何提高PCR成功率
(定量,对照)
引物设计原理
引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。引物设计总体上包含三个程序:序列下载,同源性比较,引物设计筛选。
引物设计的原则
1、引物长度
大多数应用的最短引物长度为18个核苷酸。如果期待的产物长度等于或小于500 bp,选用短的(16~18)的引物;若产物长5 kb,则用24个核苷酸的引
物。有人用20~23个核苷酸引物得到40 kb的产物。
引物设计的原则
2、引物GC含量
GC含量在40%-60%之间,以45-55%为宜。这可为有效退火提供足够热。
引物设计的原则
3、引物Tm
引物所对应模板序列的Tm 值最好72℃左右。至少要在55-80℃之间。
Tm=2(A+T)+4(C+G)
引物设计的原则
4、引物3’端
引物3’末端和模板的碱基完全配对
防止一对引物内的同源性
考虑末端5个碱基的ΔG
引物3′端要避开密码子的第3位
引物设计的原则
5、引物序列与模板序列组成的相似性
可能的错误引发位点决定于引物序列组成与模板序列组成的相似性,相似性高则错误引发率高。
引物设计的原则
6、最好在模板cDNA的保守区内设计
DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。

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  • 时间2018-09-18
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